Jediný výhonek mangrovy v tiché vodě může v dlouhodobém ukládání uhlíku předčit i vysoké stromy na souši. Tenký kmínek využívá stejné základní procesy fotosyntézy a dýchání jako pozemní lesy, ale uhlík, který zachytí, vstupuje do úplně jiného systému.
Kořenová síť zpomaluje proudění vody, zachycuje jemné částice a organickou hmotu a ukládá je do kyslíkem chudých sedimentů. V tomto prostředí s nízkým obsahem kyslíku se mikrobiální rozklad výrazně zpomaluje, takže se méně uhlíku vrací do atmosféry a více se ho dlouhodobě ukládá. Tento pohřbený organický uhlík se označuje jako modrý uhlík a hromadí se ve vrstvách bahna, které mohou zůstat nedotčené velmi dlouho.
Na souši leží listí a odumřelé dřevo v provzdušněné půdě, kde mikroorganismy rychle přeměňují organický uhlík zpět na oxid uhličitý. Čistá primární produkce jednoho výhonku mangrovy může být skromnější než u mohutného stromu, ale doba, po kterou zůstává uhlík v systému, je mnohem delší. Právě tento rozdíl v rychlosti obměny uhlíku a v chování sedimentů tiše umožňuje malé mangrově za její život stabilizovat více uhlíku než mnoha daleko větším sousedům na souši.
