Dokonale pravidelný kužel působí klidně, ve skutečnosti je ale Fudži nabitý vulkanický systém. Pod pohlednicovou siluetou dál cirkuluje magma a plyny a rozeklané horniny zachycují aktivní rozhraní mezi sbíhajícími se litosférickými deskami a hustě obydlenými oblastmi v okolí vrcholu.
Geologové se zaměřují na magmatický rezervoár a síť přívodních kanálů, tedy na jádro „vnitřního potrubí“ sopky, a berou je jako důkaz, že Fudži je spící, nikoli vyhaslá. Analýza hornin a popela z minulých erupcí spolu s geofyzikálním zobrazováním a seismickou tomografií ukazuje opakované výbušné erupce, živené magmatem bohatým na těkavé složky a vysokými tlakovými rozdíly uvnitř sopky. Fudži leží v komplikovaném styku litosférických desek, kde podsouvání jedné desky pod druhou neustále dodává nový tavený materiál do zemské kůry a udržuje termodynamickou nerovnováhu podobnou trvalému růstu entropie ve stresovaném systému.
Tato konfigurace znamená, že budoucí erupce mohou vytvářet oblaka popela narušující leteckou dopravu, pyroklastické proudy ohrožující okolní obce a rozsáhlý spad úlomkového materiálu, který může ochromit dopravní sítě i energetickou infrastrukturu daleko od vrcholové části hory. Orgány zodpovědné za ochranu obyvatelstva tyto scénáře modelují pomocí pravděpodobnostního hodnocení rizik a nahlížejí na Fudži jako na systémové riziko, ne jako na izolovanou horu. Stejná souměrnost, která dělá z hory ikonický cíl turistických fotografií, zároveň připomíná, že geologické časové měřítko a horizont lidského plánování se jen zřídka překrývají.
