Сладкий апельсин — это не реликт первобытных лесов, а окультуренный гибрид, который в дикой природе почти не возникал. Генетические исследования показывают, что он появился в результате скрещивания помело и мандарина с последующим многократным обратным скрещиванием. Его нынешний вкус, окраска и бессемянность — результат отбора, направляемого человеком, а не проявление какой‑то устойчивой, изначальной видовой сущности.

На молекулярном уровне геном апельсина представляет собой мозаику: участки ДНК от помело, участки от мандарина, рекомбинированные подобно вручную отредактированному исходному коду. Такие процессы, как мейотическая рекомбинация и клональное размножение посредством прививки, закрепили благоприятные аллели, отвечающие за высокое содержание сахаров, пониженное содержание лимонной кислоты и более тонкий флаведо (наружный окрашенный слой кожуры). Со временем это привело к уменьшению эффективной численности популяции и сужению генетического разнообразия, хотя одновременно и «отполировало» те признаки, которые особенно ценят потребители.

Поскольку большинство товарных деревьев размножают вегетативно, они имеют почти идентичные генотипы, формируя глобальную монокультуру, которая на вид кажется разнообразной, но на самом деле опирается на узкую генетическую основу. Вследствие этой истории каждый сладкий апельсин в супермаркете несет в своих хромосомах своего рода архив прошлых гибридизаций, но при этом весь вид становится более уязвимым для патогенов, способных преодолеть этот тщательно сформированный генетический «бутылочное горлышко».